La Compagnia di San Paolo persegue finalità di utilità sociale, allo scopo di favorire lo sviluppo culturale, civile ed economico, con i redditi del proprio patrimonio. L’azione della Compagnia si svolge attraverso erogazioni e progetti gestiti direttamente dalla propria struttura e tramite i propri Enti strumentali.
La governance della fondazione si fonda sulla distinzione fra organi di indirizzo, di amministrazione e controllo; in particolare il Consiglio Generale è l’organo di indirizzo della Compagnia e ne determina le priorità, i programmi e gli obiettivi, verificandone i risultati, mentre il Comitato di Gestione ha tutti i poteri per l’ordinaria e la straordinaria amministrazione. Entrambi gli organi sono presieduti dal presidente, coadiuvato dal segretario generale, che è a capo della struttura.